Der Bereich der Züchtung spielte schon immer eine wesentliche Rolle in der Geisenheimer Obstbauforschung, wobei sich die Ziele im Laufe der Zeit verändert haben. Sollten in der Vergangenheit die Obstsorten eine hohe Produktivität aufweisen, so konzentriert sich die heutige Züchtung auf bestimmte Resistenz- und Qualitätsfaktoren. Zu dem in Geisenheim erzeugtem Sortenspektrum zählen z.B. die spät reifende und großfruchtige Walnusssorte ’Wunder von Monrepos’ und die feuerbrandresistente, birnenförmige Quittensorte ’Cydora-Robusta’. Weltweit werden auf ca. 1.000 ha Sauerkirschen der Geisenheimer Sorte ’Gerema’ produziert. Sie zeichnet sich insbesondere durch ihre hervorragenden Verarbeitungseigenschaften, die mögliche  maschinelle Ernte, den guten Geschmack sowie ihre geringe Anfälligkeit für Monilia-Spitzendürre und die Stecklenberger-Virose aus.
Auch in der Unterlagenzüchtung, die sich auf schwachwüchsige Eigenschaften konzentriert, konnten Erfolge im Kern- und Steinobst verzeichnet werden.
Heute fokussieren sich die Selektionen der Züchtungsarbeiten auf krankheitsresistente Klone. Bei Stachelbeeren wird nach mehltauresistenten Klonen gesucht. Im Zwetschenanbau rangiert die Frage nach der Scharka-Resistenz an oberer Stelle. Hier sind in den letzten Jahren bereits 13 neue Sorten den erfolgreichen Weg zum Sortenschutz gegangen. Die Sorten der TOP-Serie unterscheiden sich in ihrem Reifezeitpunkt, Farbe, Größe und ihrer Verwendung. Großer Beliebtheit erfreuen sich ebenfalls die großfrüchtigen und spätreifenden Mirabellen ’Bellamira’ und ’Miragrande’.
Des Weiteren sind lagerfähige und gutschmeckende Birnensorten gefragt. Erste Erfolge konnten hier mit der Sorte ’Schöne Helene’ erreicht werden.
Einen besonderen Stellenwert hat momentan die Apfelzüchtung in Geisenheim, da hier, neben der Suche nach schorfresistenten Sorten, ein Augenmerk auf Sorten mit säulenförmigen Wuchs gerichtet wird. Dieser Zweig der Züchtung ist weltweit noch nicht sehr verbreitet. Die kolumnaren Wuchseigenschaften können aufgrund des daraus resultierenden reduzierten Arbeitsaufwandes, den geringeren Anlagenkosten und einem gesteigerten Flächenertrag für den Erwerbsanbau von Bedeutung sein. Einige Sorten dieser Züchtungsserie beginnen sich bereits in den Baumschulen und Gartencentern zu etablieren.
Außerdem interessiert uns die Frage, ob der Verbraucher roten Apfelsaft konsumieren würde, der aus rotfleischigen Apfelsorten z. b. der Sorte ‘Pomfital‘ gewonnen werden kann. Der Trend zu naturbelassenen Erzeugnissen mit hohem Anteil sekundärer Pflanzenstoffe, die die Gesundheit mit ihren antioxidativen Eigenschaften unterstützen, würde die Nachfrage eines solchen Produktes begünstigen.
Neben der Züchtung werden Sorten- und Unterlagenprüfungen durchgeführt. Hierzu zählt unser Mostobstsortiment und sämtliche Beerenobstanlagen. Die beteiligten Sorten bzw. Klone und Unterlagen werden hinsichtlich ihrer klimatischen Disposition beobachtet. Natürlich interessiert hier auch der Anfälligkeitsgrad für Krankheiten und Schädlinge.